В 1939 году на территории Мордовской государственной селекционной станции была создана начальная школа, где занималось 7 первоклассников. Первая учительница Зитева Софья Сергеевна. Здание школы было одноэтажное, барачного типа. Школа занимала одну комнату, площадью в 28 кв. м в деревянном здании. В следующем учебном году школа открыла двери для 48 человек. Занимались в 2 смены, одновременно по 2 класса. В этом же году была создана школьная библиотека, которая насчитывала 53 книги.
В 1963-1964 учебном году начальная школа Мордовской Государственной Селекционной Станции была преобразована в Ялгинскую восьмилетнюю школу, где обучалось 240 учеников, работало 12 учителей. Директором был назначен Пакшин Николай Степанович. Учились в здании барачного типа. Около школы был цветник, фруктовый сад, огород. Классные комнаты – маленькие. Учеников – до 20 в классе. Самый большой был первый класс – более 30 человек.
Посёлок строился, появились многоэтажные дома, росло население. Школа не вмещала всех учеников. Учителя проделали большую работу, писали во все инстанции с просьбой о строительстве новой школы. С 19 78 по 1993 год директором школы был Емелин Валентин Александрович. Именно он привёз проект новой школы. Ее начали строить на месте большого сада. Почти год строилась школа, и 19 октября 1983 года Ялгинская средняя школа распахнула двери для 508 учеников и 38 учителей.
С 1993 – 94 учебного года школа функционирует как Ялгинский лицей (агропромышленный). Организатором его был директор Лямзин Анатолий Николаевич.
С 1995 года директором школы являлся Юркин Николай Афанасьевич. В 1997 году был утверждён гимн, девиз, эмблема школы.
С 2014 года директором школы была Михайлова Олеся Сергеевна.
С 1 февраля 2024 года директором школы является Широков Александр Васильевич.